Sách Nê-hê-mi có thể được chia làm bốn phần:
 1. Nê-hê-mi được vua Ba-tư sai về cai trị Giu-đa.
 2. Tường thành Giê-ru-sa-lem được tái thiết.
 3. Ê-xơ-ra đọc và giải nghĩa Kinh Luật của Chúa; dân chúng ăn năn, xưng tội.
 4. Các hoạt động khác của Nê-hê-mi khi ông cai trị Giu-đa.
 Một trong những nét nổi bật của Nê-hê-mi là sự nương cậy vào Đức Chúa Trời và những lời cầu nguyện tha thiết của ông.

1. Nê-hê-mi trở về Giê-ru-sa-lem 1:1–2:20

2. Tường thành Giê-ru-sa-lem được tái thiết 3:1–7:73

3. Kinh Luật được đọc và giao ước được tái lập 8:1–10:39

4. Các hoạt động khác của Nê-hê-mi 11:1–13:31