Sách Nê-hê-mi có thể chia làm bốn phần như sau: (1) Sự trở về của Nê-hê-mi đến Giê-ru-sa-lem theo lệnh của vua Ba Tư để cai quản Giu-đa; (2) Sự xây dựng lại tường thành Giê-ru-sa-lem; (3) Luật pháp của Chúa được tuyên đọc cách trọng thể bởi E-xơ-ra, và dân chúng ăn năn xưng tội; (4) Những công việc khác của Nê-hê-mi với tư cách là tổng đốc Giu-đa.
 Một đặc điểm nổi bật của sách là lòng tin cậy Đức Chúa Trời sâu sắc và sự chuyên tâm cầu nguyện của Nê-hê-mi.

Nê-hê-mi trở về Giê-ru-sa-lem (1:1 – 2:20)

Tường thành Giê-ru-sa-lem được xây dựng lại (3:1 – 7:73)

Luật pháp được tuyên đọc và giao ước được tái lập (8:1 – 10:39)

Những hoạt động khác của Nê-hê-mi (11:1 – 13:31)